Droits de l'alternant
Arrêt maladie en alternance.
Malade pendant votre BTS en alternance ? L'apprenti est un salarié : il est couvert par l'Assurance maladie et par les règles de maintien de salaire, avec une particularité — le CFA doit être prévenu au même titre que l'employeur, car les jours de cours sont du temps de travail.
Les démarches : 48 heures pour agir
- Jour 1 : prévenez votre employeur (manager ou RH) et votre référent CFA, par téléphone ou message, dès que possible.
- Sous 48 heures : transmettez les volets 1 et 2 de l'arrêt à votre caisse d'Assurance maladie (souvent télétransmis directement par le médecin) et le volet 3 à votre employeur. Envoyez aussi une copie au CFA pour justifier l'absence en cours.
- Pendant l'arrêt : respectez les prescriptions (heures de sortie autorisées, interdiction de travailler) ; un contrôle de l'employeur ou de la caisse est possible.
Un envoi tardif et répété peut entraîner une réduction des indemnités journalières. En cas de prolongation, les mêmes règles s'appliquent à chaque nouvel arrêt.
L'indemnisation : IJSS + maintien de salaire
Deux étages se combinent, comme pour tout salarié :
1. Les indemnités journalières (IJSS)
Versées par l'Assurance maladie à partir du 4e jour d'arrêt (3 jours de carence), elles représentent environ 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d'un plafond fixé par la réglementation, sous réserve des conditions d'ouverture de droits (durée de travail ou cotisations minimales). L'apprenti, salarié cotisant, y a accès dans les conditions de droit commun.
2. Le maintien de salaire par l'employeur
Avec au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise, l'employeur complète les IJSS : 90 % du salaire brut, puis deux tiers, sur des durées qui augmentent avec l'ancienneté, après un délai de carence de 7 jours pour une maladie non professionnelle. De nombreuses conventions collectives améliorent ce socle : maintien à 100 %, carence supprimée, ancienneté requise réduite. Vérifiez la vôtre.
Conséquence pratique : en début de contrat (moins d'un an d'ancienneté) et hors convention plus favorable, un arrêt court peut être peu ou pas indemnisé à cause des carences. Le salaire d'apprenti étant calculé en pourcentage du SMIC, les montants restent proportionnels à la rémunération réelle — voir la fiche salaire et rémunération de l'alternant.
Côté CFA : absence justifiée, mais cours à rattraper
Un arrêt de travail couvre indifféremment les jours d'entreprise et les jours d'école : l'absence en cours est justifiée, sans retenue sur salaire ni sanction. Le CFA transmet chaque mois le relevé d'assiduité à l'employeur ; un arrêt correctement transmis y apparaît comme une absence justifiée.
Reste l'enjeu pédagogique : les heures de formation manquées doivent être rattrapées, car l'assiduité et la maîtrise du référentiel conditionnent l'examen. Récupérez les supports, sollicitez votre référent pour un point de rattrapage, et anticipez si l'arrêt tombe en période d'évaluations ou d'épreuves — des solutions de report existent dans les cas prévus par la réglementation des examens. Sur un arrêt long, le contrat est suspendu (jamais rompu pour cause de maladie) et un aménagement, voire une prolongation, peut être étudié avec l'employeur et le CFA. Les règles de congés et de rattrapage sont détaillées dans la fiche congés, vacances et rattrapage.
Questions fréquentes
Un apprenti est-il payé pendant un arrêt maladie ?+
Oui, comme les autres salariés, via deux mécanismes qui se cumulent : les indemnités journalières de la Sécurité sociale (environ 50 % du salaire journalier de base, après 3 jours de carence, sous réserve de remplir les conditions d'ouverture de droits), et un maintien de salaire par l'employeur si l'apprenti a au moins un an d'ancienneté (90 % du salaire brut puis deux tiers, sur des durées qui augmentent avec l'ancienneté, avec un délai de carence de 7 jours pour une maladie non professionnelle). Beaucoup de conventions collectives sont plus favorables : maintien à 100 %, carence réduite ou supprimée, condition d'ancienneté allégée.
Sous quel délai envoyer son arrêt de travail en alternance ?+
48 heures. Les volets destinés à l'Assurance maladie doivent être transmis à votre CPAM dans les 48 heures (transmission souvent automatique si le médecin télétransmet), et le volet employeur à votre entreprise dans le même délai. En alternance, prévenez également votre CFA dès le premier jour : l'arrêt justifie votre absence en cours, et l'école doit pouvoir organiser le rattrapage. Un retard répété d'envoi peut réduire vos indemnités.
Qui prévenir quand on est en arrêt maladie en apprentissage : l'employeur ou le CFA ?+
Les deux. L'employeur reste votre interlocuteur principal (c'est lui qui verse le salaire et reçoit le volet 3 de l'arrêt), mais le CFA doit aussi être informé, car le temps de formation est du temps de travail : une absence en cours non justifiée serait traitée comme une absence injustifiée en entreprise. Transmettez donc une copie de l'arrêt à votre référent CFA, même si l'arrêt ne couvre que des jours d'école.
Un arrêt maladie pendant les jours de cours au CFA compte-t-il ?+
Oui. Les jours de formation sont du temps de travail effectif : un arrêt de travail les couvre exactement comme des jours d'entreprise. L'absence est justifiée, sans retenue disciplinaire, et l'indemnisation suit les règles habituelles. En revanche, les cours manqués devront être rattrapés : contactez votre référent pédagogique pour récupérer les supports et organiser le rattrapage, surtout en période d'évaluations.
Que se passe-t-il en cas d'arrêt maladie de longue durée pendant l'apprentissage ?+
Le contrat est suspendu pendant l'arrêt, pas rompu : un employeur ne peut pas rompre un contrat d'apprentissage au motif de la maladie. Si l'absence compromet la préparation de l'examen, la situation s'étudie avec le CFA et l'employeur : aménagement du planning, rattrapage renforcé, voire prolongation du contrat ou report de l'examen dans les cas prévus par la réglementation. Plus l'arrêt est long, plus il est important de garder le contact avec le référent pédagogique pour construire une solution.
Accident de travail ou de trajet en alternance : quelles différences avec la maladie ?+
Le régime est plus protecteur : les indemnités journalières sont versées sans délai de carence dès le lendemain de l'accident, leur montant est plus élevé, et le maintien de salaire par l'employeur s'applique sans le délai de carence de 7 jours. Un accident survenu au CFA ou sur le trajet domicile-CFA est traité comme un accident de travail, puisque la formation fait partie du contrat. Déclarez l'accident à l'employeur dans les 24 heures.
Ces informations décrivent le cadre légal général applicable aux contrats d'apprentissage en France à la date de publication. Elles ne constituent pas un conseil juridique individualisé : votre convention collective, un accord d'entreprise ou votre contrat peuvent prévoir des règles plus favorables. En cas de doute sur votre situation, rapprochez-vous de votre employeur, de votre CFA, de l'inspection du travail ou d'un conseiller juridique.
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Chez Aurlom, CFA certifié Qualiopi, tous les BTS se préparent en alternance avec un accompagnement à la recherche d'entreprise. Le détail du cadre (contrat, rythme, rémunération) est expliqué dans le livre blanc de l'alternance.